Em 1º de janeiro de 2001, já com a adoção do voto aberto pela primeira vez na história da Casa, foi eleito presidente da Câmara Municipal de São Paulo à frente de uma chapa representada por praticamente todos os partidos ali representados e reelegeu-se para o mesmo cargo em 2002.

Como presidente, no cumprimento da carta-compromisso que norteou o programa da Mesa Diretora, José Eduardo Cardozo, apoiado pelos demais integrantes da Mesa, promoveu e está implementando diversas medidas em favor do fortalecimento do Poder Legislativo do Município de São Paulo de tal forma que, em menos de um ano, a Câmara Paulistana já passara a ser vista como um exemplo de Legislativo Municipal. Essa nova imagem começou a ser consolidada com o fim do voto secreto em todas as votações da Casa para dar total transparência a todos os atos legislativos. Válido inclusive para as votações de eventuais pedidos de cassação de prefeito e vereadores, o voto sempre aberto já começou a ser implantado em outras Câmaras e Assembléias Legislativas do país e começa a ser discutido até no Congresso Nacional.

Outra medida de impacto adotada pela mesa presidida por José Eduardo Cardozo foi a Reforma Administrativa, que só nos primeiros meses de implantação, com extinção de vantagens salariais indevidas, já trouxe economia considerável aos cofres públicos. Para implementar essa reforma foi contratada inclusive a consultoria da Fundação Getúlio Vargas que sugere a adoção de medidas administrativas destinadas a agilizar e racionalizar todos os procedimentos legislativos da Casa. Só com as primeiras medidas da reforma, o orçamento da Câmara já foi reduzido em mais de 8 milhões de reais ao longo deste ano.

Além disso, a nova Câmara Municipal, renovada em cerca de 50% de seus membros nas últimas eleições, começou a trabalhar em novo ritmo, com aumento do número e qualidade dos projetos aprovados. Assim, no cumprimento de uma agenda que privilegia os grandes problemas da cidade, já foram aprovados projetos de peso, como o que, descentralizando o Poder Executivo, cria as subprefeituras; o que preserva a área ambiental Capivari-Monos, reserva da Mata Atlântica no Município; os que auxiliam as melhorias nas áreas de Saúde e Educação. Na mesma linha estão previstas ainda as discussões do Plano Diretor, que regulará o crescimento da Cidade e o que implanta os Conselhos de Representantes, destinados a fiscalizar e acompanhar as subprefeituras.

Além de tudo isso, a nova mesa presidida por José Eduardo Cardozo já promoveu, também em nome da transparência, a volta da TV Câmara São Paulo para que a população possa acompanhar passo a passo todas as atividades dos vereadores escolhidos como seus representantes. Com o mesmo objetivo, foi implantado o site www.camara.sp.gov.br que permite o acompanhamento, pela Internet, das principais ações legislativas da Casa.